1주택을 보유한 1세대가 주택을 양도한 경우 세법에서 정한 일정한 요건을 갖추면 양도소득세를 과세하지 않는다. 그러나 그 주택의 양도가액이 일정액을 초과하면 1세대 1주택의 요건이 만족되어도 양도소득세가 과세된다. 이는 고가주택을 매매할 경우 비과세로 인한 주거생활의 안정보다 소득이  많은 사람이 많은 세금을 부담해야한다는 응능부담 원칙을 실현하기 위한 조치라 여겨진다.
고가주택에 대한 양도소득세 계산은 일반적인 양도소득세 계산방법과 다른 점이 있으므로 이에 대해 알아본다.

고가주택이란 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 주택을 말한다. 매매가격 6억원은 양도당시의 실지거래가액을 의미하므로 취득가액과는 무관하다.

다가구주택은 원칙적으로 공동주택이지만 단독주택으로 보아 고급주택의 규정을 적용한다.
하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 이루어져 있는 겸용주택의 경우에는 주택의 면적이 주택 외의 면적보다 큰 경우에는 그 전부를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하며, 이 경우에는 주택 외의 부분의 가액을 주택의 가액에 포함하여 고가주택 규정을 적용한다.
또한 2003년 1월 1일 이후 양도하는 재건축아파트 입주권으로서 당해 자산이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하고 실지양도가액이 6억원을 초과하는 경우에도 이를 고가주택으로 보아 고가주택 양도차익계산의 특례를 적용받을 수 있다.

고가주택은 주택가액 전체의 가액이 6억원을 초과하는 경우에 적용되는 것이므로 그 전체 또는 일부의 이전 및 지분의 이전 등이라도 1주택 전체의 가액이 6억원을 초과하면 고가주택에 해당한다.
국세심판원 심판례도 ‘공유 등기가 되어있는 주택의 경우에 소유지분 관계를 불문하고 주택전체가액을 기준으로 고가주택 여부를 판단한다’고 판시하고 있다.

고가주택 부수토지의 범위는 실제로 주택의 토지로 사용하는 면적전체가 되며, 1세대 1주택 비과세 규정에서 정한 주택정착면적의 일정 배율인 5배(도시지역 외 10배)는 적용하지 않는다.

다음은 고가주택 양도차익계산의 특례에 대해서 알아본다.
고가주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 경우에는 전체 양도차익 에서 총 양도가액 중에서 6억을 초과하는 양도가액 비율을 곱하여 고가주택 양도차익으로 한다.

하지만 다주택자이거나 3년 미만 보유 등으로 인하여 비과세 적용을 받지 못하는 고가주택의 경우에는 특례규정을 적용하지 아니하고 전체 양도차익에 대하여 양도소득세가 과세된다.

마지막으로 올해 3월 21일에 개정된 장기보유특별공제의 내용이다.
1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 고가주택의 장기보유특별공제율은 3년 이상 4년 미만을 보유한 경우 양도차익의 12%를 적용하는 것을 시작으로 보유기간이 1년 경과시 연4% 포인트씩 가산하여 최대 20년 이상 보유하는 경우 80%까지 적용이 가능하다.

이와 같이 장기간 보유한 고가주택에 대해서는 고가주택 양도차익계산의 특례뿐만 아니라 장기보유특별공제율에서도 혜택이 주어져 고가주택의 양도에 따른 과중한 세금의 부담을 완화하는 장치가 있다.
위와 같은 고가주택과 관련된 특례 등을 적용받기 위해서는 고가주택이 반드시 1세대 1주택 비과세 요건을 만족하여야 한다는 점도 명심하여야 한다.