위례신도시 개발계획이 우여곡절 끝에 확정됐지만 채권입찰제 적용 문제, 교통 문제, 군부대 골프장 이전 문제 등 해결해야 할 난제가 남아 있다. 

먼저 채권입찰금액이 3개 행정구역마다 달라지게 돼 혼란이 빚어질 것으로 예상된다. 분양가상한제가 적용되는 중대형주택(채권입찰제 적용)은 인근지역 시세의 80%수준에서 채권입찰 금액을 책정토록 하고 있으나 위례신도시의 경우 3개 지자체에 걸쳐있어 논란이 발생할 가능성이 크다. 지역마다 채권입찰금액이 다르면 민간 건설사가 공급하는 중대형 아파트의 분양가가 크게 달라질 수 있다.  
이에 국토부는 “지자체 및 전문가 등의 의견을 수렴하고 지역실정 등을 면밀히 검토해 합리적인 방안을 마련할 예정”이라고 말했지만 해결 여부는 미지수다.

또한 교통 혼잡을 해소하기 위한 방안으로 국토부는 광역교통개선책을 내놓았지만 제대로 효과를 발휘할지 의문이다. 위례신도시의 위치가 강남과 분당을 잇는 주요축인데다가 인근에 동남권 유통단지, 문정도시개발촉진지구, 장지택지개발지구, 거여마천 재정비촉진지구, 마천 임대주택단지 등이 추진되고 있기 때문이다. 

이 외에도 군부대 골프장 이전 문제가 과제로 남아 있다. 국토부는 국방부에 약속한 대로 대체 골프장 부지를 물색하고 있으나 쉽지 않아 보인다. 국토부는 국방부로부터 남성대 군 골프장을 넘겨받는 대신 대체 골프장으로 인근 미8군의 성남 골프장을 주기로 합의했다. 그러나 미8군 성남기지가 2017년 오산으로 이전되어 2017년 이전까지 성남 골프장을 이용하지 못하는 상황을 감안, 임시 대체 골프장을 구해주기로 했으나 국토부는 골프장을 마련하지 못하고 있는 실정이다.